Дыятоміт прадстаўляе небяспеку для здароўя, у першую чаргу пры ўдыханні, што можа выклікаць раздражненне дыхальных шляхоў, кашаль і дыхавіцу. Доўгачасовае ўздзеянне крышталічнага дыяксіду кремнію можа прывесці да сіліказу, хранічнага бранхіту і іншых захворванняў лёгкіх, а таксама павялічвае рызыку развіцця рака лёгкіх. Акрамя таго, дыятоміт можа выклікаць раздражненне скуры і вачэй, а яго абразіўныя ўласцівасці могуць прывесці да пашкоджанняў. Пры гэтым дыятоміт харчовай якасці лічыцца бяспечным для ўжывання ў невялікіх колькасцях, у той час як прамысловы дыятоміт таксічны і небяспечны. Рэкамендуецца выкарыстоўваць сродкі індывідуальнай абароны, такія як маскі і ахоўныя акуляры, а таксама мінімізаваць пыл пры працы з гэтым матэрыялам. Альтэрнатыўныя разрыхляльнікі, такія як цеаліт, могуць быць выкарыстаны замест дыятоміта.