У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, адказная за кіраванне інфармацыяй і асабістымі дадзенымі грамадзян. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца хакерам, які атрымлівае доступ да ctOS і імкнецца кантраляваць сітуацыю ў горадзе. Ён адданы ідэі абароны сваіх блізкіх, бо ў мінулым яны пацярпелі з-за сістэмы. Калі трагедыя паўтараецца, Эйдэн вырашае ўзяць правасуддзе ў свае рукі, выкарыстоўваючы свае навыкі хакера для барацьбы з злачыннасцю і карупцыяй.