Сюжэт гульні Shadow Hearts 2 (Shadow Hearts: Covenant) разгортваецца праз шэсць месяцаў пасля падзей першай часткі і адбываецца на фоне Першай сусветнай вайны. Галоўныя героі аказваюцца ўцягнутымі ў складанны і інтрыгуючы канфлікт, у якім замешаны дэманамі дэманалатріі. У цэнтры гісторыі знаходзіцца галоўны саветнік цара Расіі і персонаж з мінулага галоўнага героя Юрыя Хьюгі. Гулец павінен даследаваць новыя лакацыі, ўзаемадзейнічаць з разнастайнымі персанажамі і раскрываць таямніцы, звязаныя з дэманічнымі сіламі.