Дзеянне гульні Kingdom Hearts II развяртаецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфі прабудзіліся пасля годнага сну, падчас якога аднаўлялі свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас апынаецца ў віртуальным свеце Сумернага Горада, створаным персанажам па імені ДиЗ. Гульцы будуць сачыць за развіццям падзей, даследуючы новыя лакаліі і сустракаючы знаёмых персанажаў з розных сусветаў Disney і Final Fantasy. Kingdom Hearts II працягвае сюжэтную лінію, углубляючы ўзаемадзеянне паміж персанажамі і раскрываючы новыя таямніцы.