Событці гульні Kingdom Hearts II разгортваюцца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі, Сора, Дональд і Гуфі, прабудзіліся пасля гадавога сну, у працэсе якога аднаўлялі свае згубленыя ўспаміны. У гэты час Роксас знаходзіцца ў палоне віртуальнай версіі Сумеркавага Горада, створанай персанажам па імені ДзіЗ. Гульня працягвае даследаваць тэмы дружбы, памяці і барацьбы з цёмнымі сіламі.