Падзеі гульні Kingdom Hearts II разгортваюцца праз год пасля завяршэння Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфи прачнуліся пасля гадавога сну, падчас якога аднаўлялі свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў пастцы віртуальнай версіі Сутоннага Горада, створанай ДзіЗ. Гулец будзе сачыць за развіццём сюжэта, які ўключае ў сябе элементы прыгод і ўзаемадзеяння з рознымі персанажамі з сусвеце Disney і Final Fantasy.