Дзеянне гульні Kingdom Hearts II адбываецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі, Сора, Дональд і Гуфі, прачынаюцца пасля года сну, пад час якога аднаўляюць свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў палоне віртуальнай версіі Змрокавага горада, створанай персанажам па імені ДзіЗ. Гулякам давядзецца даследаваць новыя светы і сутыкнуцца з рознымі персанажамі з Disney і Final Fantasy. Асноўны акцэнт робіцца на аднаўленні памяці і барацьбе з цёмнымі сіламі.